InChI — химический идентификатор на основе молекулярной структуры

Установка
Синтаксис
Опции
Примеры использования

Окружение

• Версия РЕД ОС: 7.3
• Конфигурация: Рабочая станция
• Версия ПО: inchi-1.0.6

InChI — международный текстовый химический идентификатор. Предназначен для однозначного обозначения молекул. Он обеспечивает универсальный метод для облегчения поиска молекулярной информации в различных базах данных и в Интернете.

InChI и его компактная форма, InChIKey, являются открытыми стандартами, не ограниченными патентами. Эти идентификаторы преобразуют химические структуры в строки, которые могут быть использованы для описания, систематизации и поиска химических соединений.

Установка

Установить программу можно либо через графический менеджер пакетов, либо через терминал.

Для установки программы через графический менеджер пакетов dnfdragora перейдите в «Главное меню» — «Администрирование» — «Управление пакетами dnfdragora», выполните поиск необходимого пакета по ключевому слову «inchi» и отметьте флагом пакет последней версии. Далее нажмите кнопку «Применить» и дождитесь окончания установки.

Для установки программы через терминал выполните команду (потребуются права администратора):

 sudo dnf install inchi

Данный пакет предоставляет утилиту для командной строки inchi-1. Утилита применяется для пакетной обработки нескольких структурированных файлов, в первую очередь файлов SDF. Список опций утилиты можно вывести, запустив её без аргументов:

 inchi-1

Синтаксис

Утилита доступна для запуска через терминал при помощи команды следующего вида:

 inchi-1 inputFile [outputFile [logFile [problemFile]]] [-option[ -option ...]] 

где:

• inchi-1 — название утилиты;

• inputFile — путь к входному файлу с химическими структурами, который нужно конвертировать;

• outputFile (необязательно) — путь к файлу, куда будет сохранён результат конвертации;

• logFile (необязательно) — путь к файлу логов, где будут записаны сообщения о ходе выполнения;

• problemFile (необязательно) — путь к файлу, куда будут записаны проблемные случаи;

• [-option[ -option ...]] — одна или несколько опций, модифицирующих процесс конвертации.

 inchi-1 inputFiles... -AMI [-option[ -option...]]

где:

• inputFiles... — список входных файлов для обработки;

• -AMI — опция, указывающая на использование дополнительного режима или модуля;

• [-option[ -option...]] — дополнительные опции, настраивающие процесс.

Опции

Основные опции утилиты:

1. Опции ввода.

• STDIO — использовать стандартные потоки ввода/вывода;

• InpAux — ввод структур в формате дополнительной информации inchi;

• SDF:DataHeader — читать из входного SD-файла идентификатор под этим заголовком данных;

• START:n — начать с n-й входной структуры;

• END:n — остановиться после n-й входной структуры;

• RECORD:n — обработать только n-ю входную структуру;

• AMI — разрешить множественные входные файлы (поддержка шаблонов);

• AMIOutStd — записывать вывод в стандартный поток вывода (в режиме AMI);

• AMILogStd — записывать логи в стандартный поток ошибок (в режиме AMI);

• AMIPrbNone — подавить создание файлов с проблемами (в режиме AMI).

2. Опции вывода.

• NoLabels — не включать номер структуры, DataHeader и ID в вывод inchi;

• NoWarnings — подавить все предупреждающие сообщения;

• AuxNone — не включать дополнительную информацию;

• SaveOpt — сохранить пользовательские опции создания inchi (нестандартный inchi);

• Tabbed — разделить номер структуры, inchi и AuxInfo с помощью табуляции;

• MergeHash — объединить inchikey с дополнительными хешами, если они присутствуют;

• NoInChI — не печатать саму строку inchi;

• OutErrInChI — при ошибке печатать пустую строку inchi (по умолчанию ничего);

• OutputSDF — преобразовать inchi, созданный с дополнительной информацией по умолчанию, в SD-файл;

• SdfAtomsDT — выводить изотопы водорода в SD-файле как атомы D и T.

3. Опции структуры.

• SNon — исключить стереохимию (по умолчанию включить абсолютные стереохимические свойства);

• NEWPSOFF — оба конца клина указывают на стереоцентры;

• LooseTSACheck — ослабить критерии неоднозначного рисунка для тетраэдрической стереохимии в кольце;

• DoNotAddH — все атомы водорода являются явными (по умолчанию добавлять H в соответствии с обычными валентностями).

4. Модификаторы восприятия стереохимических свойств (нестандартный inchi).

• SRel — относительная стереохимия;

• SRac — рацемическая стереохимия;

• SUCF — использовать флаг хиральности: включено означает абсолютную стереохимию, выключено — относительную стереохимию.

5. Опции настройки создания inchi (нестандартный inchi).

• SUU — всегда включать опущенные неизвестные/неопределённые стереохимические свойства;

• SLUUD — делать метки для неизвестных и неопределённых стереохимических свойств различными;

• RecMet — включать результаты с реконнектированными металлами;

• FixedH — включать слой фиксированного водорода;

• KET — учитывать кето-енольный таутомеризм (экспериментально);

• 15T — учитывать 1,5-таутомеризм (экспериментально).

6. Опции генерации.

• Wnumber — установить тайм-аут на структуру в секундах (W0 означает неограниченно);

• WMnumber — установить тайм-аут на структуру в миллисекундах (WM0 означает неограниченно);

• LargeMolecules — обрабатывать молекулы до 32766 атомов (экспериментально);

• WarnOnEmptyStructure — предупреждать и производить пустой inchi для пустой структуры;

• Polymers — разрешить обработку полимеров (экспериментально);

• Polymers105 — разрешить обработку полимеров (экспериментально, устаревший режим версии 1.05);

• FoldCRU — складывать CRU-полимера, если внутри повторяются;

• NoFrameShift — отключить сдвиг рамки CRU-полимера;

• NoEdits — отключить сдвиг рамки и складывание CRU-полимера;

• NPZz — разрешить Zz-атомы, не связанные с полимерами (псевдоэлементы-заполнители);

• SAtZz — разрешить стереохимию у атомов, связанных с Zz (по умолчанию отключено);

• Key — генерировать inchikey;

• XHash1 — генерировать расширение хеша (до 256 бит) для первого блока inchikey;

• XHash2 — генерировать расширение хеша (до 256 бит) для второго блока inchikey.

7. Опции преобразования.

• InChI2Struct — преобразовать строку inchi обратно в структуру молекулы, восстановить исходную структуру молекулы из ее уникального идентификатора inchi;

• InChI2InChI — преобразовать строку inchi в другую строку inchi с использованием разных опций или стандартов, необходимо для сравнения и анализа различных представлений одной и той же молекулы.

Примеры использования

Перед выполнением данных примеров создайте файл InChI_TestSet.sdf, содержащий необходимые химические структуры для преобразования.

1. Преобразование sdf-файла в txt-файл со строками inchi и inchikey с использованием опции -Key:

 inchi-1 -Key ./InChI_TestSet.sdf

2. Опции –Start:n, –End:n, Record:n позволяют обрабатывать структуры в файле, начиная с определённой структуры, либо заканчивая или обрабатывая только её.

 inchi-1 -Start:2180 ./InChI_TestSet.sdf

Дата последнего изменения: 24.09.2024

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите текст и нажмите Ctrl+Enter.