Avogadro2 — программа просмотра и редактирования молекул

Установка
Описание программы
Пример работы

Окружение

• Версия РЕД ОС: 8
• Конфигурация: Рабочая станция
• Версия ПО: avogadro2-ru-1.97.0-1

Avogadro2 — редактор и визуализатор молекул, предназначенный для кроссплатформенного использования в вычислительной химии, молекулярном моделировании, биоинформатике, материаловедении и смежных областях. Функционал программы можно расширить с помощью плагинов.

С помощью Avogadro2 можно легко построить или изменить структуру молекулы, при этом программа обеспечивает отличное качество отображения молекул и белковых структур. Приложением поддерживается просмотр и редактирование трёхмерных структур большинства наиболее популярных в вычислительной химии форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).

Установка

Установить программу можно либо через графический менеджер пакетов, либо через терминал.

Для установки программы через графический менеджер пакетов dnfdragora перейдите в «Главное меню» — «Администрирование» — «Управление пакетами dnfdragora», выполните поиск необходимого пакета по ключевому слову «avogadro2-ru» и отметьте флагом пакет последней версии. После этого нажмите кнопку «Применить» и дождитесь окончания установки пакетов.

Для установки программы через терминал выполните следующую команду (потребуются права администратора):

sudo dnf install avogadro2-ru

Дальнейшая работа в программе выполняется от локального пользователя.

Для запуска программы перейдите в «Главное меню» — «Образовательные» — «Avogadro2» или выполните команду в терминале:

avogadro2

Описание программы

Интерфейс программы стандартный и состоит из нескольких типовых частей.

1. Основное меню программы. Позволяет выполнять различные действия с создаваемым документом, а также настраивать как саму программу, так и панель инструментов.

2. Панель инструментов. Это стандартная панель инструментов с кнопками быстрого доступа к основным функциям программы. Эти панели можно скрывать и отображать через основное меню. По умолчанию отображается Главная панель и Инструменты.

В меню настройки доступно много панелей, но они нужны при более глубоком изучении приложения.

3. Панель рисования. Здесь отображаются опции и действия, которые относятся к выбранному в данный момент инструменту. Инструменты можно выбирать через панель инструментов.

4. Основное рабочее поле. В данном поле происходит весь процесс рисования и анимации моделей молекул.

5. Панель стилей отображения модели. Эта панель позволяет менять способ отображения молекулы.

6. Панель просмотра конфигурации. Здесь отображаются опции и действия, которые относятся к выбранному в данный момент инструменту. Инструменты можно выбирать через панель инструментов.

Пример работы

Рассмотрим создание молекулы на примере молекулы кофеина, которая имеет формулу C₈H₁₀N₄O₂ и имеет структуру следующего вида:

Сначала выберите атом кислорода и оставьте одинарную связь. Связи в процессе можно добавлять.

Разместите атом на рабочем поле. В соответствии с настройками по умолчанию выстраивается молекула воды (H₂O).

Далее выберите атом углерода. На рабочем поле наведите курсор на атом кислорода и, удерживая ЛКМ, переместите курсор в сторону, чтобы создать химическую связь. Затем отпустите кнопку мыши для завершения соединения.

Наведите курсор на связь между кислородом и углеродом и добавьте еще одну молекулярную связь:

Стили отображения можно настроить на панели Просмотр конфигурации. Например, в пункте Метки атома можно добавить в созданную молекулу подписи использующихся химических элементов, выбрав «Элемент и порядковый номер».

Добавьте по очереди остальные атомы. В результате получается молекула такого вида:

Необходимо оптимизировать длины и углы связей. Для этого в основном меню выбираем соответствующий пункт «Расширения» — «Открыть Babel» — «Оптимизировать геометрию».

После молекула выглядит правильно, поскольку расстояние между атомами и углы между связями установлены в соответствии со справочными данными.

В Настройках перемещения можно рассмотреть молекулу со всех сторон.

Используя Стили отображения, также существует возможность, например, отобразить сферы Ван-дер-Ваальса.

На этом создание молекулы завершено.

Дата последнего изменения: 25.02.2025

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите текст и нажмите Ctrl+Enter.