XDrawChem – программа для рисования и анализа химических структур и реакций

Установка XDrawChem
Описание программы
Пример работы

Окружение

• Версия РЕД ОС: 7.3
• Конфигурация: Рабочая станция
• Версия ПО: XDrawChem-1.10.2

XDrawChem — это графическое приложение для рисования и анализа химических веществ, схем реакций. Программа предоставляет возможность редактирования химических структур в 2D-формате, а также анализа и хранения химических данных молекулярного моделирования, биохимии, твердотельных материалов или смежных областей. XDrawChem позволяет создавать химические структуры с фиксированными длинами связей и углами, автоматически рисует кольцевые системы, выравнивает структуры в реакциях и генерирует структурные диаграммы.

XDrawChem может работать с собственным файловым форматом, совместим с файлами Chemdraw и форматами, поддерживаемыми пакетом OpenBabel (*.cml, *.mdl, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf и др.), а также позволяет экспортировать изображения в форматы: PNG, BMP, EPS и SVG.

XDrawChem предоставляет прогнозы 13C-ЯМР и 1H-ЯМР, простое ИК-прогнозирование, простую оценку pKa, оценку коэффициента распределения октанол-вода, а также проводить анализ реакций, включая оценку изменения энтальпии в газовой фазе и сравнение ЯМР 1H и ЯМР 13C.

Установка XDrawChem

Программу можно установить через графический менеджер пакетов (dnfdragora) или с помощью команд в терминале.

Для установки программы через графический менеджер пакетов перейдите в «Главное меню» (1) — «Администрирование» — «Управление пакетами dnfdragora» (2).

В поисковой строке менеджера пакетов введите ключевое слово «xdrawchem» (1), нажмите кнопку «Поиск» (2) и отметьте флагом пакет последней версии для платформы х86_64 (3). После этого нажмите кнопку «Применить» (4) и дождитесь окончания установки пакетов.

Для установки программы через терминал (Ctrl+Alt+T) перейдите в сеанс пользователя root:

su -

Далее выполните команду установки:

dnf install xdrawchem

После установки программа будет доступна из «Главного меню» – «Образовательные» – «Рисование хим. формул».

Описание программы

При первом запуске появляется окно с различными подсказками по использованию программы. Для отключения данного окна при запуске программы поставьте флаг рядом с надписью «Не показывать это диалоговое окно» (1) и нажмите кнопку «OK» (2).

Окно программы выглядит следующим образом:

Интерфейс программы XDrawChem представлен в стандартном виде и состоит из следующих основных элементов:

1. Основное меню программы: содержит различные команды и опции, позволяющие управлять функциями программы, открывать и сохранять файлы, настраивать параметры и многое другое. Главные пункты меню включают:

• Файл (File): создание, открытие, поиск в интернете, сохранение, экспорт, настройка страницы, печать, закрытие, выход.

• Редактирование (Edit): отмена, вырезать, копировать, вставить, удалить, отменить выбор, повернуть, масштабировать.

• Группа (Group): выбор реактанта, выбор продукта реакции, очистка одной или всех групп.

• Формат (Format): установка цвета фона, настройки рисования, переключение сетки, отрисовка с фиксированными длинами отрезков и углами, настройки XDC.

• Инструменты (Tools): информация о молекуле, автоматическое распределение, прогнозы 13C- и 1H-ЯМР, простое ИК-прогнозирование, простая оценка pKa, оценка коэффициента распределения октанол-вода, анализ реакций.

• Помощь (Help): дополнительная информация о программе.

2. Панель инструментов: стандартная панель инструментов с кнопками быстрого доступа к основным функциям программы, таким как создать, сохранить, напечатать, вырезать, копировать, вставить и др.

3. Панель инструментов для рисования:

 Инструмент «Выбрать» (Select) предназначен для выбора и перемещения элементов внутри рамки. Можно выбрать несколько элементов, вырезать, копировать, перемещать и вращать их.

 Инструмент для создания лассо (Lasso) используется для выбора и перемещения элементов, рисуя петлю вокруг них. Доступны к выбору также несколько элементов.

 Инструмент «Стереть» (Erase) предназначен для удаления отдельных элементов.

 Линейный инструмент (Draw Line) используется для рисования связей. Обведите существующие связи, чтобы создать двойные и тройные связи.

 Инструмент «Пунктирная линия» (Draw dashed line) позволяет провести поверх существующих связей пунктирные линии.

 Инструмент «Цепи» (Draw aliphatic chain) дает возможность нарисовать ациклические (или алифатические) соединения.

 Инструмент для создания стереофонической восходящей линии (Draw stereo-up line) позволяет нарисовать дополнительные линии.

 Инструмент для создания стереофонической нисходящей линии (Draw stereo-down line) используется для отображения нисходящих линий.

 Инструмент для создания волнистых линий (Draw wavy bond).

 Инструмент «Стрелка» (Regular Arrow) позволяет рисовать простые стрелки. При нажатии и удержании можно выбирать из списка доступные стрелки.

 Инструмент для рисования изогнутых стрелок используется для создания изогнутых стрелок и кубической кривой Безье.

 «Квадратная скобка» (Square bracket) позволяет добавлять квадратные скобки к химическим структурам.

 «Надпись» (Draw or edit text) предоставляет возможность создавать или редактировать текстовые блоки в редакторе химических структур.

 Инструмент химических элементов (Chemical elements) предназначен для добавления или редактирования химических элементов.

 Инструмент для создания символов (Symbol tool) используется для добавления различных символов к химическим структурам.

4. Дополнительная панель инструментов: содержит инструменты для создания и редактирования химических структур.

5. Рабочая область: здесь отображается сама химическая структура, которую вы создаете или редактируете, а также другие графические объекты.

XDrawChem обладает гибким пользовательским интерфейсом, который позволяет перемещать и отключать панели инструментов.

Для настройки страницы перейдите в «File» - «Page setup» и выберите необходимые опции.

Для настройки рисования перейдите в «Format» - «Drawing settings…» и установите фиксированный угол и длину отрезка.

Пример работы

1. Для создания нового проекта необходимо перейти в основное меню программы в «File» (1) - «New» (2) или воспользоваться комбинацией клавиш «Ctrl + N».

2. Взаимодействие с инструментами.

В XDrawChem доступны все стандартные аминокислоты и нуклеиновые кислоты во встроенной библиотеке. Например, для того чтобы разместить в рабочей области схему аминокислоты цистеина, необходимо открыть выпадающий список химических веществ (1), выбрать «Amino acids» - «Cysteine» (2), кликнуть ЛКМ в рабочей области (3). Изображение можно увеличить, повернуть и переместить.

Для получения детальной информации о любом веществе в рабочей области необходимо его выделить, перейти в меню «Tools» - «Molecule information…» или воспользоваться сочетанием клавиш (Ctrl + I). Отобразится информация о средневесовой молекулярной массе (MW), формула вещества, элементарный анализ.

Для получения 1H ЯМР анализа перейдите в главное меню в «Tools» - «Predict 1H NMR» и выделите соединение в рабочей области (1). Инструмент 1H NMR spectrum (2) выведет спектр (3) и структуру соединения (4).

Например, спектр 1H ЯМР аланина представляет собой 4 сигнала с химическими сдвигами 0.8, 1, 2.1 и 11.5 м. д.:

3. Для сохранения проекта необходимо перейти в пункт меню «File» (1) - «Save as…» (2). В диалоговом окне ввести имя, выбрать тип файла, директорию для сохранения.

Для сохранения изображения перейдите в пункт меню «File» - «Save picture…». Укажите имя файла (1), выберите один из доступных форматов: PNG, BMP, EPS и SVG (2), нажмите «Save» (3).

Дата последнего изменения: 24.09.2024

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите текст и нажмите Ctrl+Enter.