Avogadro - программа просмотра и редактирования молекул

Установка
Описание программы
Пример работы

Окружение

• Версия РЕД ОС: 7.3
• Конфигурация: Рабочая станция
• Версия ПО: avogadro-1.2.0-1

Avogadro — редактор и визуализатор молекул, предназначенный для кроссплатформенного использования в вычислительной химии, молекулярном моделировании, биоинформатике, материаловедении и смежных областях. Функционал программы можно расширить с помощью плагинов.

С помощью Avogadro можно легко построить или изменить структуру молекулы, при этом программа обеспечивает отличное качество отображения молекул и белковых структур. Приложением поддерживается просмотр и редактирование трёхмерных структур большинства наиболее популярных в вычислительной химии форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).

Установка

Установить программу можно либо через графический менеджер пакетов, либо через терминал.

Для установки программы через графический менеджер пакетов dnfdragora перейдите в «Главное меню» — «Администрирование» — «Управление пакетами dnfdragora», выполните поиск необходимого пакета по ключевому слову «avogadro» и отметьте флагом пакет последней версии. После этого нажмите кнопку «Применить» и дождитесь окончания установки пакетов.

Для установки программы через терминал перейдите в сеанс пользователя root:

 su -

и выполните команду:

 dnf install avogadro -y

Дальнейшая работа в программе выполняется от локального пользователя.

После установки программа будет доступна из «Главного меню» - «Образовательные» - «Моделирование молекул Avogadro».

Описание программы

Интерфейс программы стандартный и состоит из нескольких типовых частей.

1. Основное меню программы. Позволяет выполнять различные действия с создаваемым документом, а также настраивать как саму программу, так и панель инструментов.

2. Панель инструментов. Это стандартная панель инструментов с кнопками быстрого доступа к основным функциям программы. Эти панели можно скрывать и отображать через основное меню. По умолчанию отображается Главная панель и Инструменты.

В меню настройки доступно много панелей, но они нужны при более глубоком изучении приложения.

3. Основное рабочее поле. В данном поле происходит весь процесс рисования и анимации моделей молекул.

4. Меню стиля отображения модели. Эта панель инструментов позволяет менять способ отображения молекулы.

5. Меню рисования. Здесь отображаются опции и действия, которые относятся к выбранному в данный момент инструменту. Инструменты можно выбирать через панель инструментов.

Пример работы

Рассмотрим создание молекулы на примере молекулы кофеина, которая имеет формулу C₈H₁₀N₄O₂ и имеет структуру следующего вида:

Сначала выберите атом кислорода и оставьте одинарную связь. Связи в процессе можно добавлять.

Выставьте атом на поле. В соответствии с настройками по умолчанию выстраивается молекула воды (H₂O).

Добавьте по очереди остальные атомы. В результате получается молекула такого вида:

Необходимо оптимизировать длины и углы связей. Для этого выбираем соответствующий пункт «Расширения» - «Оптимизировать геометрию» в основном меню.

После молекула выглядит правильно, поскольку расстояние между атомами и углы между связями установлены в соответствии со справочными данными.

В Настройках перемещения можно рассмотреть молекулу со всех сторон.

Используя Стили отображения, также существует возможность, например, отобразить сферы Ван-дер-Ваальса.

Каждый стиль можно настроить, для этого существуют кнопки настроек. Например, в настройках меток можно добавить в созданную молекулу подписи использующихся химических элементов.

На этом создание молекулы завершено.

Дата последнего изменения: 17.10.2023

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите текст и нажмите Ctrl+Enter.